После смерти своего могущественного покровителя – герцога Якова – православные Якобштадта оказались в невыгодной ситуации, т.к. все руководящие позиции в управлении города попали в руки поляков, при активной поддержке отцов-иезуитов. После окончания Русско-польско-шведской войны Латгалия вернулась под власть Польши, и местное католическое духовенство начинает здесь активную миссионерскую деятельность среди латышей. Иезуиты строят свои монастыри-коллегиумы в Даугавпилсе и Краславе, и отсюда протягивают свои руки в Курляндию. Притеснения православных стали столь ощутимыми, что приходилось либо принимать Унию, либо переселяться из Якобштадта.

Вспыхнула Северная война (1700-1721 гг.), принесшая с собой новые беды и лишения. Якобштадт, как пограничный город, оказался в центре военных действий и страдал как от шведских, так и от русских войск. Разрушенный город в 1710 году охватила чума, унесшая в Курляндии едва не половину населения. Но есть среди этого ужаса и светлая страница.
Незадолго до взятия Риги (в июле 1710 года), в Якобштадте стоял с войсками генерал-фельдмаршал граф Борис Петрович Шереметев (†1719). В обители он возносил Богу благодарение в годовщину победы над шведами под Полтавой летом 1709 года, и сделал щедрый вклад – подарил фольварк Пелит с землей (80 га), и оставил свою походную святыню – икону-складень «Знамения» Божией Матери.
Однако вскоре происками униатов земли у обители были отобраны и иноки оказались в бедственном положении.
В начале 1718 года якобштадтские монахи, в числе насельников десятков подобных белорусских монастырей, обратились с жалобой к царю Петру I «на великое и нестерпимое гонение от католиков» и на то, что поляки прилагают все усилия для полного уничтожения Православия на землях Речи Посполитой, а особенно в Беларуси (в этой же грамоте и жалобы известных нам монахов Полоцкого и Витебского монастырей, ездивших в Ригу). В ответной грамоте (9 марта 1718 года) Петр I указывал королю Польскому Августу II на притеснение православных и требовал защиты их прав и свобод, для сохранения мира между Россией и Польшей. Король обещал защиту и разослал грамоты во все православные обители Польши, но это ничем не помогло в условиях войны и полной безнаказанности действий, творимых католиками во вред православным повсеместно – в городах, деревнях, монастырях Белоруссии.
Злоба униатов на Якобштадтскую обитель, как явный оплот Православия, усилилась особенно после следующего интересного события.
Осенью 1719 года настоятель униатского Ушачского монастыря (в Витебском округе) Симеон Вишняржевский бросил свой монастырь, уехал в Ригу, а отсюда перебрался в Якобштадт, где 11 ноября 1719 года в Свято-Духовом монастыре торжественно отрекся от «унии с Римом, от папы, иезуитов и всех латинян» и возвратился в лоно Православной Церкви. После Рождества Христова Вишняржевский ездил в Митаву (Елгаву), где был представлен вдовствующей герцогине Анне Иоанновне (племяннице Петра I), после чего он вернулся в Якобштадт и отсюда в 1720 году уехал в Санкт-Петербург вместе с иеромонахом Биляем (из Полоцка – судя по имени белорусом).
Униаты не могли пережить спокойно такого промаха и позора, и начали затяжную открытую войну с Якобштадтскими православными монахами, которых они стали бить «смертным боем». Свято-Духова обитель вступила в период борьбы за свое существование, и весь 18-ый век прошел в этой борьбе. История сохранила нам яркий пример той атмосферы, в которой жила тогда обитель. В 1753 году настоятель иеромонах Пахомий Бенкевич жаловался в городскую ратушу на насилие и побои, которые причинили ему, униаты, продержав его, как злодея, в тюрьме своего монастыря в течение целой ночи за то, что он показал Якобштадтскому бургомистру их пасквиль, нагло прибитый ими к стене Духовской церкви, и просил суда и следствия. Конечно, жалобы эти остались без последствий.
В 1759 году настоятель иеромонах Кирилл Козловский жаловался на притеснения и гонения от католиков русскому министру, жившему в Митаве при дворе герцога Карла. В том же году в Якобштадт для расследования были посланы судьи, но это следствие, подобно другим, производившимся повсеместно в Беларуси и Литве по требованию русского правительства, не привело ни к чему, кроме дальнейшего обострения отношений с католиками и униатами.
В 1769 году страшный пожар уничтожил почти весь город, сгорел униатский монастырь, но Свято-Духова обитель уцелела.
В 1773 году город вновь пострадал от страшного пожара – сгорела Никольская церковь (В 1774 году она была отстроена вновь в камне, 17 x 9,5 м). Свято-Духова обитель вновь цела.
В 1780-ых годах униаты отстроили в камне свой сгоревший монастырь – а обветшавшие деревянные храмы православных продолжали упрямо стоять. Обитель влачила явно жалкое существование, не имея земель и терпя притеснения.
Перемены в создавшемся для обители тяжелом положении начались после раздела Польши между Россией, Австрией и Пруссией. В 1772 году к России отошла Латгалия, а в 1795 году была присоединена и Курляндия. До этого в духовном отношении Якобштадт оставался под властью Полоцкой, а затем Могилевской православной епархии. С 1799 года все церкви Латгалии и Курляндии отошли к Псковской епархии, от чего Псковские архиепископы стали тогда именоваться ещё Лифляндскими и Курлядскими.
Свято-Духову монастырю были возвращены его земли, когда-то подаренные графом Шереметевым. Благодаря возвращению угодий монастырь смог поправить своё бедственное материальное положение. Вместе с обителью стал оживать и город – к 1800 году число жителей возросло до полутора тысяч. Ожили торговля, ремесла и движение товаров по Даугаве из России в Ригу.
В 1795-1799 годах в Псковской и Могилевской епархиях в лоно Православной церкви возвратилось из Унии около 110 тысяч человек. Православные приходы возникают повсеместно в Латгалии – в Динабурге, Друе, Краславе, Люцине (Лудзе), Режице (Резекне).
В 1803 году Латгалия в духовном отношении была вновь отчислена из Псковской к Могилевской (Белорусской) епархии.
К сожалению, ничего не известно о быте монастыря – его Уставе и количестве братии, но, судя по описанному тяжелому положению, обитель могла содержать крайне малое число иночествующих, необходимое лишь для поддержания постоянного богослужения. Она имела себе пропитание от совершения необходимых треб среди местного православного малочисленного населения.

Настоятели, известные из документов:

1. Иеромонах Дометиан Богданович – 1705 год.
2. Иеромонах Рафаил Оловяшко – 1718 год.
3. Иеромонах Пахомий Бенкевич – 1753 год.
4. Игумен Кирилл Козловский – 1759-1795 годы.

Деятельнейший из всех. Уроженец города Кричева (Могилевская губерния), выходец из Свято-Духова Тупичевского монастыря (город Мстиславль). Более 40 лет провел в Якобштадте, где на покое скончался и был погребен своим приемником – игуменом Германом Чесским.

5. Игумен Герман Чесский – 1797 год.

Духовное управление Курляндией тогда осуществлял Белорусский и Могилевский архиепископ Георгий (Конисский) (1755-1795) – в 1993 году прославлен в Соборе Белорусских Святых. Память его – 13(26) февраля, в день кончины этого яркого защитника Православия от Унии.