Едва настали для обители благоприятные времена отдохновения и восстановления после глубоких потрясений века 18-го, как грянула в 1812 году война с Наполеоном. Маршал Макдональд, двигавший франко-прусскую армию через Литву и Латвию на Санкт-Петербург, устроил свою ставку в Якобштадте. Город подвергся варварскому разгрому. Не сумевшие переправиться на правый берег Даугавы, не дошедшие до Риги, безуспешно штурмовавшие недостроенную ещё Динабургскую крепость, французы вылили свою злобу на местное население. Курляндия была полностью опустошена.
Вместе с городом, конечно, пострадал и Свято-Духов монастырь, т.к. просвещенные европейцы не стеснялись устраивать в православных храмах конюшни и казармы и не упускали случая поживиться дорогой утварью.
После изгнания армии Наполеона обитель влачила столь жалкое существование, что сам настоятель – иеромонах Серафим, назначенный сюда в 1812 году, перед началом войны, из Псково-Печерского монастыря, был вынужден ходатайствовать об упразднении обители и роспуске братии, не имеющей никаких средств к существованию. На что и последовал указ Святейшего Синода от 30 апреля 1817 года. Свято-Духовский и Никольский храмы со всем оставшимся от монастыря движимым и недвижимым имуществом (зданиями и землей) обращались в православный приход, и ему же передавалась уцелевшая среди гонений, пожаров и войн чудотворная икона Божией Матери.
Впрочем, упразднение это не имело характер моментального и совершенного исчезновения монастыря. В 1833 году Курляндия была переведена в духовное подчинение в Минской епархию, и в списке её мужских монастырей последним значится – «Якобштадтский Свято-Духов». Кроме Якобштадта в Курляндии тогда было только две православные церкви – в Митаве (Елгаве) Симеоно-Анненская и в Альт-Гринвальде – Никольская (недалеко от Илуксте).
Видимо, после упразднения обители в 1817 году часть братии не захотела покидать родной угол, и старые иноки продолжали жить при своем древнем храме Святого Духа до своей тихой и незаметной кончины, т.к. до 1866 года здесь ещё числилась братия.
Таким образом, Свято-Духов мужской монастырь просуществовал в Якобштадте около двухсот лет – с середины 17-го века до середины 19-го века, или ещё точнее – примерно с 1660-ых до 1860-ые годы.
В 1836 году в Риге было открыто викариатство Псковской епархии, к которому была причислена и Курляндия с Якобштадтом. В 1850 году, стараниями третьего Рижского епископа Платона (1848-1866), и двух его замечательных предшественников – викариев Иринарха (1836-1841) и Филарета (1842-1848), проповедников Православия среди местных латышей и эстонцев, в Риге была открыта самостоятельная епископская кафедра. Новая Рижская епархия включила Курляндию и Лифляндию, а с 1865 года в её состав была включена и Эстляндия. Количество приходов достигло 117-ти (ещё три единоверческих), обслуживавших около 150-ти тысяч православных прихожан обоего пола, в том числе в Риге до 10-ти тысяч. Для удобства управления было создано десять благочиний. Открыта семинария в Риге. С 1845 года латыши стали молиться на родном языке. Якобштадтский священник Александр Мутовозов только за 1845 – начало 1846 года миропомазал в Православие 381 курляндского латыша.
Нельзя не отметить тот факт, что первое массовое движение латышей в Православие в середине 19-го века происходило в непосредственной близости от Якобштадта, на территории нынешнего Мадонского района, где возникли и существуют старейшие православные латышские приходы – в Ляудоне, Лаздоне, Марциене, Карздабе, Дзелдзаве и т. д. Это объясняет факт принадлежности местных православных латышей именно к Свято – Духовскому древнему храму. В таких благоприятных условиях приходская жизнь православного населения Якобштадта, после упразднения монастыря, сосредоточилась в трёх православных церквах – Свято-Духовской и Никольской (бывших монастырских) и Покровской, о чём далее и пойдёт повествование.
