В середине 17-го века на левом берегу Даугавы против замка Крустпилс, основанного немецкими рыцарями-крестоносцами в 13-ом веке, возникла русская «Гольмгофская слобода», которую населяли лоцманы-плотогоны, сплавлявшие на плотах-»стругах» по Даугаве через «пороги» до Риги грузы из России и Беларуси, а также переправлявшие товары, приходившие сухопутно из Литвы и Польши. Слобода имела выгодное торговое положение на территории тогдашних земель Латвии – это был стык границ трёх разных государств: Видземе принадлежала Швеции (вместе с Эстонией), Латгалия была под властью Польши, а весь левый берег Даугавы служил естественной границей герцогства Курляндского, бывшего тогда на вершине своего развития под умелым управлением герцога Якова Кетлера (1610 – 1682; правил с 1642 года), который создал свой флот и сеть мануфактур.

Видя выгоду в развитии «слободы», герцог Яков в 1670 году даровал ей городские права и назвал в свою честь – Якобштадт.
При этом он дал право «принимать к себе (на проживание) благонадёжных людей русского происхождения только» – т.е. русских, белорусов. И далее – «Жалуем и позволяем всему собранию токмо от российской нации единственно, а не от немецкого и прочих народов, отправлять службу Божию по религии греко-российской (т.е. православной), кою им иметь и содержать в вечные времена, и для того, как своих священников и школьных служителей с постройкой и церкви по их закону ставить и жалованьем удовольствовать они же имеют».
Так было юридически закреплено полноправное развитие и существование в Якобштадте православных церквей и школ.
И уже тогда, во второй половине 17-го века, в городе существовали две православные церкви – Святителя Николая Чудотворца и Святого Великомученика Георгия Победоносца, возникших, конечно же, вместе со «слободой» ещё в середине 17-го века, в 1650-60 – хы годах.
Объяснима и причина благоволения герцога Якова к местному русскому населению.
В ходе Русско-польско-шведской войны (1654-1667) русские войска царя Алексея Михайловича захватили всю Латгалию и более десяти лет удержали её вместе с Даугавой вплоть до самой Риги – русские гарнизоны были в Динабурге (Даугавпилсе), Крейцбурге (Крустпилсе) и Кокенгаузене (Кокнесе), угрожая Риге и шведам в Видземе.
Герцог Яков, являвшийся вассалом Польши, был взят в плен шведами. Курляндия с её Балтийским побережьем и флотом была лакомым куском для Швеции, стремившейся к все скандинавскому господству. Русский царь выкупил герцога на свободу, никак не желая усиления своего соперника и потери торговли с Европой через Курляндию. Возможно, Якобштадт стал залогом дружбы Курляндии с Россией и знаком благодарности герцога Якова царю Алексею Михайловичу.
«Оружейная палата» в Москве хранит дипломатический подарок герцога Якова патриарху Никону (1652-1658 годы) – изумительной работы янтарный посох.
Венцом деятельности православного населения в Якобштадте стало явное благословение Божие местным православным церквам.
Древнее предание, записанное в 1840-годах священником Николаем Васильевым (†1881), повествует об этом так: «Когда шведы и саксонцы совокупными силами преследовали вплавь по реке Двине русское войско и уже возвращались обратно на свой берег, то один саксонец, по имени Яков Гудынский, католик, заметив плывущую вниз по Двине дощечку, вонзил в оную своё копьё и, таким образом вытащив из воды, нёс её на копье же чрез Двину. Достигши берега, этот саксонец увидел на своей руке, держащей копьё, кровь и полагал сначала, что таковая течёт из раны, полученной им в сражении с неприятелем. Внимательно осмотрев же руку и не найдя раны, он обратил внимание на копьё, причём увидел, что кровь текла по копью из находившейся на ней дощечки, которая оказалась иконой Божией Матери. Это необычайное обстоятельство поразило Гудынского и он, заметив на иконе православную живопись, отдал оную в бывшую тогда в Якобштадте Георгиевскую церковь, а сам принял Православие и остался навсегда в Якобштадте.»
Так чудесно была обретена Якобштадская икона Божией Матери, прославившаяся чудотворениями. С одним из этих чудес и связан сам момент возникновения православной иноческой обители, именуемой Свято-Духовой. Другое предание повествует об этом так:
«Один купец, некто Раткевич, сопровождавший свой товар на барках в Ригу и остановившийся в Якобштадте, пришёл в Георгиевскую церковь к утрени. По окончании Литургии приведён был родственниками бесноватый, страшно изуродованный латыш, для молитвы перед чудотворным образом Божией Матери о выздоровлении. Когда настоятель монастыря, окончив молебен, начал читать заклинательную молитву над бесноватым, то из последнего стал выходить нечистый дух в виде беловатого пара и с быстротой устремился из церкви, так что притворенная дверь с силой растворилась и повалила двух мальчиков, у двери. Всех присутствующих в церкви, и в том числе купца Раткевича, объял сильный страх. Купец, в благоговейном чувстве к чудотворной иконе, тут же выразил настоятелю монастыря желание построить новый, более благолепный храм для святой иконы, что и было им исполнено при содействии настоятеля монастыря, исхлопотавшего у герцога Якова бесплатный отпуск леса. Новый храм был наименован во имя Святого Духа, и в честь Богородицы и Апостолов устроено в нём было по приделу».
Исходя из исторических событий, описанных в первом предании, явление Якобштадской иконы относится к периоду Русско-польско-шведской войны (1654-1667).
Основание Раткевичем храма Святого Духа, связанное с чудом от Якобштадской иконы, все источники, касающиеся истории храма, относят единодушно к 1670-1675 годам.
Следовательно, образование в Якобштадте иноческой обители, получившей имя Свято-Духовой по своему новому храму, построенному Раткевичем, и имевший главной своей святыней чудно явленную и чудесами прославленную икону Божией Матери, относится ко второй половине 17-го века, или к его последней четверти. Имеется важный исторический факт, косвенно поддерживающий период датировки основания обители. Киевский митрополит Пётр Могила (1632-1647) даровал в своё время двум православным мужским монастырям Беларуси – Богоявленскому Братскому в Полоцке и Троицкому Маркову в Витебске (обе стоят на берегу Западной Двины – Даугавы) – исключительное право каждый год, по очереди, посылать своих монахов, с открытием навигации по Двине, в Ригу для совершения православного богослужения, отправления необходимых треб и сбора милостыни для поддержания своих обителей. Право это подтверждали своими грамотами:

1. Белорусский епископ Федосий Васильевич (1669-1678) – в 1675 году;
2. Наместник Белорусской епархии от Могилёва – архимандрит Сильвестр Валчанский – 8 июля 1686 года; (при межархиерействе)
3. Киевский митрополит Гедеон, князь Четвертинский – 17 февраля 1687 года;
4. Киевский митрополит Варлаам Ясинский – 2 марта 1690 года;
5. Патриарх Московский и всея Руси Адриан (1690-1700) – 2 февраля 1697 года;
6. Могилёвский епископ Серапион Палховский (1697-1704) – в 1699 году;
7. Патриарший местоблюститель, «всея Руси» митрополит Стефан Яворский (1700-1722) – 7 октября 1715 года;
8. Святейший Синод – 30 июля 1723 года.

Белорусские монахи обычно приезжали весной с походной полотняной церковью, которую они ставили в Риге на берегу Даугавы около Карловых ворот, и осенью уезжали домой, так что на зиму православные рижане оставались без священников, богослужения и церкви.
Указом Священного Синода от 17 июля 1756 года белорусским монахам было разрешено привезти на стругах вместо полотняной уже деревянную церковь, которая в 1780-1781 годах была разобрана и вместо нее построена была за Двиной церковь Святой Троицы, новая и постоянная (Троице – Задвинская), богослужение в которой приезжие монахи этих же обителей совершали до 1812 года.
На всём протяжении водного пути по Даугаве от Белоруссии до самой Риги в середине 17-го столетия только в Якобштадте были православные церкви, и совершалось православное богослужение. Белорусские монахи, по пути в Ригу, никак не могли миновать Якобштадт, чтобы не нанять хороших лоцманов (впереди были опасные пороги) и, за время остановки, не послужить в местных церквах в утешение местному православному населению, жившему в лютеранском и католическом окружении.
Уже из необходимости иметь здесь небольшую перевалочную базу для отдыха и молитв на долгом пути в Ригу можно заключить, что именно белорусским монахам Полоцка и Витебска принадлежит заслуга основания в Якобштадте небольшой иноческой обители, которая окормлялась духовно и материально благодаря ежегодным визитам сюда белорусских купцов и православных монахов.
Именно при монастыре было удобно содержать школу, заниматься благотворительностью и удовлетворять свои духовные нужды местному русскому православному населению.